Das Mausoleum, das Kaiser Hadrian für sich hatte errichten lassen, erhielt im 6. Jh. den Namen Engelsburg, als der Legende zufolge oben auf der Burg der Erzengel Michael erschien und so einer großen Pest ein Ende bereitete.

Kaiser Aurelian hatte die außergewöhnliche Bedeutung der Burg für die Verteidigung erkannt und diese deshalb in die Mauern eingeschlossen, aber erst im 8. Jh., als Leo IV die Verteidigungsmauern der Vatikansbasilika errichten ließ, wurde sie endgültig zur Verteidigungsbastion der gesamten Stadt.
Als er aus Avignon zurückkehrte, verlangte der Papst die Herausgabe der Schlüssel der Burg, und sofort danach, zu Beginn des 15. Jhs., wählte man dieses Gebiet, das durch die Mauern und die Burg, die die einzige noch vorhandene Brücke kontrollierte, uneinnehmbar war, zur Papstresidenz.
Am Ende des 15. Jhs. verstärkte Alexander VI Borgia die Verteidigungswerke und stützte sich dabei auf die Erfahrung Antonio da Sangallos, verband die Burg durch einen Gang auf den Mauern Leos mit dem Papstpalast.
Und gerade dank diese Eingriffs konnte Clemens VII sich wenige Jahrzehnte später retten, als er von den Landsknechten Karls V bedroht wurde, indem er sich in die Burg flüchtete, wo er sechs Monate blieb.
Die Burg war auch bekannt als eines der schrecklichsten Gefängnisse, und hier waren berühmte Persönlichkeiten gefangen wie Cagliostro und Benvenuto Cellini, der wegen Korruption angeklagt war und fliehen konnte, indem er die Wachen bestach.
Das antike Mausoleum bestand aus einer großen quadratischen Basis, auf dem sich ein Zylinder erhob, dessen Äußeres noch sichtbar ist, wenn auch die Marmorverkleidung fehlt, mit der er dekoriert war.
Der Bau endete in einem Kegel, auf dem sich die Bronzoquadriga des Kaisers befand. Im Inneren führte eine Wendeltreppe, die noch heute begangen wird, um zu den Loggen und Gemächern zu gelangen, zur Grabkammer des Kaisers.