Eines der wichtigsten Beispiele für die vielen übereinander konstruierten Bauten in der Stadt. Unter der Kirche sind bei den Ausgrabungen unter der Leitung der irischen Mönche die beiden früheren Niveaus ans Licht gebracht worden. 18 m unter dem heutigen Straßenniveau befinden sich die Reste der Münze, und in der Nähe die eines Privathauses aus dem 3. Jh. , von dem einige Räume für ein Mithräum genutzt wurden.

Die Mithrasreligion, ein syrischer Kult, hatte viele Anhänger vor allem unter der Oberschicht. Über diesen Gebäuden ließ Papst Silicius im 4. Jh. die erste Basilika errichten, die dem Hl. Clemens geweiht ist, dem dritten Papst nach Petrus und Opfer der Christenverfolgungen unter Domition.
Die Kirche wurde im 9. und 11. Jh. mit Fresken dekoriert, von denen einige noch zu erkennen sind und wo zum ersten Mal die italienische Sprache erscheint, erlitt dann schwere Schäden beim Normannenbrand des Jahres 1084. Paschalis II beschloss nach der Zerstörung, die alte Basilika zu bedecken und sie als Untergrund für das neue Gebäude zu benutzen, das demselben Schema folgt wie das frühere, aber schmaler ist.
In die heutige Basilika gelangt man durch den Seiteneingang mit einem kleinen Prothyron auf der Papststraße, nach der Legende hat auf der Höhe der Kirche die Päpstin Johanna ihr Kind geboren. Das Innere der Kirche zeigt einen Zustand, der ihm am Anfang des 18. Jhs. von Carlo Stefano Fontana verliehen worden ist.
Die Apsis ist mit einem Mosaik aus der ersten Hälfte des 12. Jhs. geschmückt, einem Werk der römischen Schule. Sofort rechts vom Eingang öffnet sich die Kapelle Santa Caterina, die im 15. Jh. von Masolino unter Mithilfe seines außergewöhnlichen Schülers Masaccio mit Fresken ausgemalt worden ist.