Il Palazzo ospita, dal 1960, una tra le più prestigiose collezioni archeologiche del mondo. Tutta la zona prospiciente le Terme di Diocleziano era occupata alla fine del ‘500 dalla Villa Peretti Montalto, una tra le più celebri Ville Romane.

Costruita per il Cardinale Felice Peretti, poi Papa Sisto V, dal suo architetto di fiducia Domenico Fontana, la villa fu acquistata alla fine del ‘700 dalla nobile famiglia dei Massimo.
Quando già la costruzione della stazione ferroviaria aveva comportato la distruzione di molti edifici che componevano la Villa, il gesuita Massimiliano Massimo decise di far costruire sulla sua proprietà il palazzo destinato ad ospitare il Collegio dei Gesuiti. Realizzato secondo lo stile dei palazzi tardo- rinascimentali, l'imponente edificio ha continuato a svolgere la sua funzione di collegio fino al 1960.