L'eterogeneità della popolazione, caratteristica del quartiere, determinò la compresenza di molteplici religioni e una forte presenza di ebrei favorì il precoce apparire del cristianesimo. L'importante attività edilizia che coinvolse Trastevere in epoca medioevale subì un forte arresto durante l'esilio avignonese dei papi e la ripresa fu dovuta a Sisto IV e Giulio II con la creazione dell'anello viario di raccordo tra Via della Lungara, Via Giulia, Ponte Sisto e il mai costruito Ponte Giulio.

Il progetto tendeva a veicolare i flussi di pellegrini sulla riva destra del Tevere. Un ulteriore significativo intervento strutturale fu opera di Urbano VIII, che in considerazione della fragilità dimostrata da questa zona nel Sacco di Roma del 1527, la cinse con le mura che la collegavano definitivamente alla già fortificata area vaticana.
Piazza San Cosimato, in origine occupata dalla naumachia di Augusto, prende nome dall'ex complesso benedettino del IX secolo, ormai completamente integrato nelle strutture dell'ospedale Regina Margherita, ed è uno dei centri più vitali dell'odierno Trastevere.