L'actuelle Porte Portese est le résultat des remaniements des murs exécutés au XVII° siècle. Selon la volonté de Urbain VIII, qui se souvenait du catastrophique sac des lansquenets, on pourvut ainsi à la défense du Janicule. La porte remplaça l'antique Porte Portuensis des murs auréliens.

Pour la première fois, à la fin du III° siècle apr. J .-C., l'empereur Aurélien avait décidé d'insérer dans l'enceinte défensive de la ville Trastevere et le Janicule parce qu'il les considérait fondamentaux pour le contrôle du territoire.
De cette porte sortait la Voie Portuense qui, comme d'autres routes romaines, prenait son nom du lieu de destination, les ports de Claude et de Trajan. Il s'agissait donc d'une des plus importantes artères commerciales pour le ravitaillement des marchés romains.
Porta Portese est aujourd'hui synonyme de marché aux puces; c'est ici que le dimanche matin se déroule le plus célèbre marché à la brocante de Rome qui s'étend dans les rues limitrophes et arrive jusqu'à l'avenue Trastevere.