La Basilica di Santa Cecilia è una delle numerose antiche chiese di questo quartiere nel quale la presenza di stranieri e un minor controllo dell'autorità imperiale romana, diedero modo alla religione cristiana di penetrare prima che altrove.

La chiesa fu probabilmente costruita nel III sec., sul luogo occupato dalla casa della giovane e nobile martire.
Gli scavi, ai quali si accede dalla navata destra, hanno riportato alla luce i resti di un ambiente porticato del II secolo. Su di esso affacciano alcuni vani che danno accesso ad un ambiente corredato da sette vasche in laterizio, identificato con una conceria di pelli a conferma della vocazione mercantile e commerciale di Trastevere.
La chiesa, completamente riedificata nel IX secolo durante il pontificato di Pasquale I, ha subito molteplici interventi fino alla definitiva sistemazione settecentesca. Il bellissimo chiostro del XII secolo è stato alterato con il muro realizzato nel Cinquecento, per sostenere il sovrastante refettorio delle monache.
Ed è proprio nella zona riservata alle suore, alla quale però si accede facilmente, che è custodito uno dei massimi capolavori medievali di Roma: Il Giudizio Universale, dipinto nel 1293 da Pietro Cavallini sul muro di contro facciata, nascosto dal coro creato successivamente per consentire alle monache di clausura di assistere alle funzioni religiose.
Nel grandioso affresco il grande maestro della Scuola Romana ha impresso i segni della sua forte personalità artistica. Nella scena di ampio respiro con un impianto compositivo monumentale risalta la salda plasticità delle figure, evidenziata grazie al sapiente uso del colore.
Pietro Cavallini, come gli studi e i ritrovamenti più recenti stanno ribadendo, fu il massimo innovatore della pittura italiana alla fine del Medioevo.