La Cappella Sistina, voluta da Papa Sisto IV della Rovere, da cui prende il nome, fu costruita da Giovannino de'Dolci tra il 1475 ed il 1481 d.C.

La decorazione quattrocentesca delle pareti, realizzata da uno straordinario gruppo di pittori composto dal Perugino, il Botticelli, il Signorelli ed il Ghirlandaio, comprende i finti tendaggi, le "Storie di Mosè e di Cristo" ed i ritratti dei Pontefici mentre Pier Matteo d'Amelia dipinse per l'inaugurazione sulla volta un cielo stellato.
L'esecuzione degli affreschi, almeno per quella che fu la composizione iniziale, fu portata a termine nel 1482 d.C. quando furono eseguite anche le opere in marmo relative alla transenna, alla cantoria, e allo stemma pontificio posto sopra la porta d'ingresso. La cappella fu consacrata al culto dell'Assunta il 15 agosto del 1483 d.C. dal Pontefice Sisto IV ma già il nipote, Papa Giulio II della Rovere, appena 25 anni più tardi decise di modificare le decorazioni affidando l'incarico a Michelangelo Buonarroti.
Il contratto sottoscritto l'8 maggio del 1508 d.C. prevedeva la realizzazione delle figure dei dodici apostoli nei pennacchi della volta circondati da motivi ornamentali, ma ben presto il Pontefice si vide costretto a cedere alle richieste dell'artista che rivendicava una maggiore libertà compositiva.
Michelangelo dipinse nove episodi tratti dal libro della Genesi organizzati all'interno di un architettura fittizia in gruppi tematici di tre:

• Separazione della luce dalle tenebre
  "Dio disse: - Sia la luce!-. E la luce fu. Dio vide che la luce era cosa buona e separò la luce dalle tenebre e chiamò la luce giorno e le tenebre notte."
• La Creazione degli astri e delle piante
  "Dio fece le due luci grandi, la luce maggiore per regolare il giorno e la luce minore per regolare la notte, e le stelle."
• Separazione della terra dalle acque
  "Dio disse: - Le acque che sono sotto il cielo, si raccolgano in un solo luogo e appaia l'asciutto.- E così avvenne. Dio chiamò l'asciutto terra, e la massa delle acque mare. E Dio vide che era cosa buona."
• Creazione di Adamo
  "E Dio disse: - Facciamo l'uomo a nostra immagine, a nostra somiglianza, e domini sui pesci del mare e sugli uccelli del cielo, sul bestiame, su tutte le bestie selvatiche e su tutti i rettili che strisciano sulla terra.-"
• Creazione di Eva
  "Il Signore Dio plasmò con la costola, che aveva tolta all'uomo, una donna e la condusse all'uomo."
• Peccato originale e cacciata dal Paradiso Terrestre
  "Ma il serpente disse alla donna: - Non morirete affatto! Anzi ... diventereste come Dio, conoscendo il bene e il male.- Allora la donna prese del suo frutto e ne mangiò, poi ne diede anche al marito"
  "Il Signore Dio scacciò l'uomo e pose ad oriente del giardino di Eden i cherubini e la fiamma della spada folgorante, per custodire la via all'albero della vita."
• Sacrificio di Noè
• Diluvio Universale
  "Allora Dio disse a Noè: - E' venuta per me la fine di ogni uomo, perché la terra, per causa loro, è piena di violenza; ecco, io li distruggerò insieme con la terra. Fatti un'arca di legno di cipresso; - "
• Ebbrezza di Noè
  "Ora Noè, coltivatore della terra, cominciò a piantare una vigna. Avendo bevuto il vino, si ubriacò e giacque scoperto all'interno della sua tenda."

A completamento del tessuto pittorico della Cappella Sistina, Michelangelo rappresentò lungo i lati della volta figure di sibille e profeti seduti in trono, nelle vele, quelle che presumibilmente devono ritenersi gli antenati di Cristo, e nei quattro pennacchi angolari, alcuni episodi della salvazione del popolo d'Israele.
Il capolavoro di Michelangelo fu concluso nel 1512 d.C., ed il 1° novembre Giulio II inaugurò nuovamente la Cappella Sistina con una messa solenne.
Verso la fine del 1533 d.C. Clemente VII De'Medici incaricò Michelangelo di modificare ulteriormente la decorazione della Sistina dipingendo sulla parete d'altare, al posto di alcuni affreschi del Perugino, il Giudizio Universale.
Nella seconda metà del Cinquecento vennero restaurati gli affreschi della parete d'ingresso gravemente danneggiati dal crollo della porta avvenuto nel 1522 d.C: Hendrik van den Broeck ridipinse la "Resurrezione Di Cristo", mentre Matteo da Lecce la "Disputa sul corpo di Mosè". Gli affreschi della Cappella Sistina hanno subito un completo restauro tra il 1979 ed il 1999 d.C. recuperando lo splendore dei colori e l'integrità del tessuto pittorico originale.