La Pinacoteca Vaticana, fondata nel 1799 d.C. da Pio VI, trova attualmente sistemazione nella struttura progettata dall'architetto Luca Beltrami per volontà di Papa Pio XI.

Al primo nucleo di 118 opere, inizialmente ospiato presso l'ottocentesco Giardino Quadrato, negli anni sono state aggiunte varie opere fino a costituire una collezione di ben 460 dipinti, organizzati nelle sale della Pinacoteca Vaticana secondo periodo cronologico e scuole di stile.

Sala I – XII-XV secolo:

• Giovanni Bonsi: Madonna col Bambino ed i SS.Onofrio, Nicola, Bartolomeo e Giovanni Evangelista
• Margaritone d'Arezzo: San Francesco d'Assisi
• Vitale da Bologna: la Madonna dei Battuti
• Giovanni del Biondo: Vergine dell'Apocalisse con Santi ed angeli
• Francescuccio Ghissi: Madonna dell'umiltà
• Nicolò e Giovanni: giudizio finale
• Bernardo Daddi: Martirio di Santo Stefano e ritrovamento delle sue reliquie
• Allegretto Nuzi: Madonna col Bambino, San Michele e Sant'Orsola
• Scuola di Giunta Pisano: San Francesco e storie della sua vita
• Scuola Romana: Cristo Benedicente, Profeta Amos, Profeta Mosè
• Scuola Umbra: Croce processionale
• Antonio Veneziano: San Giacomo Maggiore

Sala II – XIII-XIV secolo:

• Giovanni di Paolo: Compianto sul Cristo morto, Orazione di Gesù nell'orto, Annunciazione, Tavola di Biccherna
• Pietro Lorenzetti: Cristo davanti a Pilato
• Lorenzo Monaco: Fatti della vita di San Benedetto, Sant'Antonio Abate incontra l'eremita Paolo
• Niccolò di Tommaso: Santa Brigida di Svezia e la Visione della Natività
• Sano di Pietro: Natività e annuncio ai pastori, Fuga in Egitto
• Bernardo Daddi: Madonna del Magnificat
• Gentile da Fabriano: Storie di San Nicola di Bari
• Giotto di Bondone: Trittico Stefaneschi
• Simone Martini: Redentore benedicente

Sala III – XV secolo:

• Beato Angelico: Storie di San Nicola di Bari, Madonna col Bambino ed i SS. Domenico e Domenico e Caterina
• Benozzo Gozzoli: Madonna della Cintola
• Filippo Lippi e aiuti: Incoronazione della Vergine, Angeli, Santi e donatori
• Masolino da Panicale: Transito della Vergine, Crocifissione

Sala IV – XV-XVI secolo:

• Melozzo da Forlì: Gruppo di angioletti, Testa di apostolo, Testa di apostolo, Gruppo di angioletti, Sisto IV nomina Bartolomeo Platina prefetto della Biblioteca Vaticana, Angelo che suona il liuto
• Marco Palmezzano: Madonna col Bambino e SS. Francesco, Lorenzo, Giovanni Battista, Pietro, Domenico e Antonio Abate, Cristo Portacroce, Annunciazione, Vergine col Bambino in trono con SS. Giovanni Battista e Gerolamo, Sacra Famiglia con S. Elisabetta e San Giovannino

Sala V e Sala VI – XV secolo

• Marco Basaiti: Madonna col Bambino e San Giovannino
• Benedetto Buglioli: Stemma di Innocenzo VIII
• Lucas Cranach: il Vecchio, Pietà
• Ercole de' Roberti: I miracoli di San Vincenzo Ferrer
• Carlo Crivelli: Pietà
• L'Alunno: Incoronazione della Vergine e Santi

Sala VII – XV -XVI secolo:

• Giovanni Santi: San Girolamo in trono
• Perugino: Madonna col Bambino e i SS. Lorenzo, Ludovico di Tolosa, Ercolano e Costanzo, San Benedetto; San Flavia; San Placido
• Pinturicchio e G.B. Caporali: Incoronazione della Vergine

Sala VIII – XVI secolo:

• Raffaello: Pesca Miracolosa, Consegna delle chiavi, Lapidazione di San Stefano, Conversione di San Paolo, Accecamento di Elima, Guarigione dello storpio, Incoronazione della Vergine, L'annunciazione, L'adorazione dei Magi, La presentazione al Tempio, Fede Carità e Speranza, Madonna di Foligno, Trasfigurazione

Sala IX – XV - XVI secolo:

• Bernardino de' Conti: Ritratto di Francesco II Sforza
• Giovanni Bellini: Compianto sul Cristo morto
• Leonardo da Vinci: San Girolamo

Sala X – XV – XVI secolo:

• Giulio Romano e Giovan Francesco Penni: Incoronazione della Vergine
• Tiziano: Madonna di San Niccolò dei Frari
• Veronese: Visione di Santa Elena

Sala XI – XVI secolo:

• Barocci: San Francesco riceve le stimmate
• Ludovico Carracci: Trinità col Cristo morto
• Cavalier d'Arpino: Annunciazione
• Marco dal Pino: Torchio mistico e Cristo in gloria
• Barocci: Annunciazione
• Girolamo Muziano: Resurrezione di Lazzaro

Sala XII – XVII secolo:

• Guido Reni: Madonna col Bambino e i SS. Tommaso e Girolamo, San Matteo e l'angelo, Crocefissione di San Pietro
• Andrea Sacchi: Visione di San Romualdo, Messa di San Gregorio
• Caravaggio: Deposizione della croce
• Domenichino: Comunione di San Girolamo
• Nicolas Poussin: Martirio di San Erasmo
• Jean Valentin: Martirio dei SS. Processo e Martiniano

Sala XIII – XVII secolo:

• Pietro da Cortona: Davide uccide il gigante Golia, Visione di San Francesco
• Orazio Gentileschi: Giuditta e l'ancella con la testa di Oloferne
• Nicolas Poussin: Vittoria di Gedeone sui Madianiti
• Guido Reni: La fortuna trattenuta da Amore

Sala XIV – XVII secolo:

• Carlo Maratta: Ritratto di Clemente IX
• Baciccia: Visione di San Francesco Saverio
• Sassoferrato: Madonna col Bambino
• Daniel Seghers e Erasmus II Quellin: Ghirlanda di fiori con "Ecce Homo"

Sala XV – XVIII secolo:

• Giovanni Battista Crosato: Madonna col Bambino con Sant'Antonio da Padova e un Santo Vescovo
• Gaetano Gandolfi: Trionfo della Fede
• Pier Leone Grezzi: Martirio di San Clemente
• Pompeo Batoni: Ritratto di Pio VI
• Giuseppe Maria Crespi: Ritratto di Benedetto XIV
• Donato Creti: Osservazioni Astronomiche
• Thomas Lawrence: Ritratto di Giorgio IV d'Inghilterra
• Francesco Mancini: Riposo durante la fuga in Egitto

Sala XVI – XIX secolo:

• Wenzel Peter: Autoritratto, Combattimento di una zebra con un leopardo, Gufo con preda e paesaggio, Tigre, Adamo ed Eva nel Paradiso Terrestre

Sala XVII - XVII secolo:

• Gian Lorenzo Bernini e Antonio Raggi: Angelo di destra, modello per una statua dell'altare della Cattedra di San Pietro(prima versione), Angelo di sinistra, modello per una statua dell'altare della Cattedra di San Pietro (prima versione), Angelo di sinistra, modello per una statua dell'altare della Cattedra di San Pietro (versione definitiva), Angelo di destra, modello per una statua dell'altare della Cattedra di San Pietro (versione definitiva)
• Gian Lorenzo Bernini: Testa di San Giovanni Crisostomo, modello per statua dell'altare della Cattedra di San Pietro, Testa di Sant'Atanasio, modello per una statua dell'altare della Cattedra di San Pietro

Sala XVIII – XV – XIX secolo:

• Arte Russa: Dormizione della Vergine, San Nicola e fatti della sua vita
• Giorgio Klontzas: San Tito vescovo