La Basilica di San Clemente

È uno dei più importanti esempi delle numerose stratificazioni della città. Sotto la chiesa, gli scavi condotti dai padri irlandesi hanno infatti riportato alla luce i due livelli precedenti. Diciotto metri sotto l'attuale piano stradale sono presenti i resti della Zecca e, vicino a questa, quelli di una casa privata del III secolo di cui alcuni ambienti furono destinati ad ospitare un Mitreo.

La religione di Mitra, culto siriano, ebbe moltissimi adepti soprattutto tra le fasce sociali alte della popolazione. Sopra questi edifici papa Silicio nel IV secolo fece erigere la prima basilica, dedicata a San Clemente, terzo papa dopo San Pietro e vittima delle persecuzioni di Domiziano.
La chiesa decorata con affreschi nel IX e nell' XI secolo, di cui alcuni ancora leggibili e dove appare per la prima volta la lingua italiana, subì gravissimi danni nel corso dell'incendio normanno del 1084.
Pasquale II, dopo l'evento disastroso, decise di far interrare l'antica basilica e usarla per sostenere il nuovo edificio costruito secondo lo stesso schema del precedente, ma più stretto.
Alla basilica attuale si accede dall'ingresso laterale segnato da un piccolo protiro e situato sulla Via papale, all'altezza di questa chiesa avrebbe partorito la leggendaria papessa Giovanna. L'interno della basilica si presenta con l'aspetto datole dai lavori realizzati all'inizio del Settecento da Carlo Stefano Fontana.
L'abside è decorata con un mosaico della prima metà del XII secolo, opera della scuola romana. Subito a destra dell'ingresso si apre la Cappella di Santa Caterina, affrescata nel Quattrocento da Masolino con l'aiuto del suo straordinario allievo Masaccio.