Presso le sale sono in esposizione alcuni capolavori della pittura e scultura europea come i gruppi marmorei Pluto e Proserpina, Apollo e Dafne ed il David di Gian Lorenzo Bernini, la Paolina Borghese di Canova, il Davide con la testa di Golia e la Madonna dei Palafrenieri di Caravaggio, Amor Sacro e Amor Profano di Tiziano, una Pietà di Rubens, la deposizione di Raffaello oltre a dipinti di Domenichino, Antonello da Messina, Correggio e Lorenzo Lotto.
Le raccolte, che Sito IV inizò nel 1497 d.C. con alcuni gruppi scultorei in bronzo, ospitano oggi alcune delle opere più importanti nel panorama dell'arte classica come la statua equestre di Marco Aurelio del II secolo d.C., nel cortile di Palazzo Nuovo, o i bronzi della Lupa Capitolina, dello "Spinario", della Testa di Costantino o del busto di Bruto presso il Palazzo dei Conservatori.
Lungo gli itinerari proposti si possono visitare la Cappella Sistina di Michelangelo, le stanze di Raffaello, alcune gallerie d’arte antica e moderna, le raccolte del Museo Gregoriano Egizio e, nella Pinacoteca Vaticana, le opere di artisiti come Giotto, Beato Angelico, il Perugino, Leonardo da Vinci, Caravaggio, Raffaello Sanzio e Bernini.