Diese Basilika wurde auf der Arx errichtet, einem der beiden Anhöhen des Kapitols, an dem Ort, wo die Jungfrau Maria Oktavian erschienen sein soll, dem späteren Kaiser Augustus, die auf diese Weise die Stelle des alten, wichtigen Tempels der Juno Moneta einnahm.

Die Ausrichtung der ursprünglichen Basilika entspricht dem des Querschiffs und wurde im 13. Jh. für die Franziskaner errichtet, wahrscheinlich nach einem Entwurf des großen Arnolfo di Cambio. Die steile Treppe mit 124 Stufen wurde 1348 von der Stadtverwaltung als Votivgabe an die Jungfrau errichtet, damit diese für das Ende der Pest in Europa eintrat, und von Cola di Rienzo eingeweiht.
Bei dieser Gelegenheit wurde die Ausrichtung der Kirche vollkommen verändert und diese zum Vatikan hin orientiert und nicht mehr zum Konservatorenpalast. 1564 ließ Papst Pius IV die mittelalterliche, von Pietro Cavallini, dem großen römischen Meister vom Ende des 13. Jhs., mit Fresken geschmückte Apsis abreißen.
Das Kloster, auf das die Kirche eigentlich zurückgeht, wurde bei den Bauarbeiten für das Vittoriano vollständig zerstört. Bereits zuvor, während der Besetzung durch die Franzosen, war die Kirche profanisiert und als Stall benutz worden.